4 febrero, 2023

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LOS RECORTES EN GRAN BRETAÑA PODRÍAN CAUSAR UNA SEQUÍA DE DATOS DE COVID

Los países que alguna vez lideraron el mundo en el monitoreo del coronavirus ahora están retrocediendo, dejando al mundo menos preparado para detectar futuras variantes, dijeron los expertos.

El gobierno británico cerró o redujo el viernes varios de sus programas de vigilancia de covid , reduciendo la recopilación de datos en los que Estados Unidos y muchos otros países habían llegado a depender para comprender la amenaza que representan las variantes emergentes y la efectividad de las vacunas. Dinamarca, también conocida por los conocimientos de sus pruebas exhaustivas, ha reducido drásticamente sus esfuerzos de seguimiento de virus en los últimos meses.

A medida que más países aflojen sus políticas para vivir con covid en lugar de apagarlo, a los expertos en salud les preocupa que los sistemas de monitoreo se debiliten, lo que dificultará predecir nuevos aumentos y dar sentido a las variantes emergentes.

“Las cosas se van a poner más difíciles ahora”, dijo Samuel Scarpino, director gerente del Instituto de Prevención de Pandemias de la Fundación Rockefeller. “Y justo cuando las cosas se ponen difíciles, estamos volviendo a marcar los sistemas de datos”.

Desde que surgió la variante Alpha en el otoño de 2020, Gran Bretaña ha servido como referente, rastreando esa variante, así como Delta y Omicron antes de que llegaran a los Estados Unidos. Después de un comienzo lento , los esfuerzos estadounidenses de vigilancia genómica han mejorado constantemente con un modesto aumento de la financiación.

“Esto en realidad podría colocar a EE. UU. en una posición más de liderazgo”, dijo Kristian Andersen, virólogo del Instituto de Investigación Scripps en La Jolla, California.

Al comienzo de la pandemia, Gran Bretaña estaba especialmente bien preparada para establecer un programa de rastreo de virus de clase mundial. El país ya albergaba a muchos expertos en evolución de virus, tenía grandes laboratorios listos para secuenciar genes virales y podía vincular esa secuenciación a registros electrónicos de su Servicio Nacional de Salud.

En marzo de 2020, investigadores británicos crearon un consorcio para secuenciar tantos genomas virales como pudieran. Algunas muestras provinieron de pruebas que las personas tomaron cuando se sintieron enfermas, otras provinieron de hospitales y otras más provinieron de encuestas nacionales.

Esa última categoría fue especialmente importante, dijeron los expertos. Al evaluar a cientos de miles de personas al azar cada mes, los investigadores pudieron detectar nuevas variantes y brotes entre personas que ni siquiera sabían que estaban enfermas, en lugar de esperar a que las pruebas llegaran de clínicas u hospitales.

“Las pruebas comunitarias han sido el indicador más rápido de los cambios en la epidemia, y también ha sido el indicador más rápido de la aparición de nuevas variantes”, dijo Christophe Fraser, epidemiólogo de la Universidad de Oxford. “Es realmente la herramienta clave”.

A fines de 2020, Gran Bretaña estaba realizando la secuenciación genómica en miles de muestras de virus a la semana a partir de encuestas y pruebas, proporcionando bases de datos en línea con más de la mitad de los genomas de coronavirus del mundo. Ese diciembre, estos datos permitieron a los investigadores identificar Alpha , la primera variante del coronavirus, en un brote en el sureste de Inglaterra.

Algunos otros países se destacaron por sus esfuerzos para rastrear la evolución del virus. Dinamarca estableció un sistema ambicioso para secuenciar la mayoría de sus pruebas positivas de coronavirus. Israel combinó el seguimiento viral con la vacunación agresiva, produciendo rápidamente evidencia el verano pasado de que las vacunas se estaban volviendo menos efectivas, datos en los que otros países se apoyaron en su decisión de aprobar refuerzos.

Pero Gran Bretaña siguió siendo el ejemplo no solo en la secuenciación de genomas virales, sino también en la combinación de esa información con registros médicos y epidemiología para dar sentido a las variantes.

“El Reino Unido realmente se preparó para brindar información a todo el mundo”, dijo Jeffrey Barrett, exdirector de la Iniciativa de Genómica Covid-19 en el Instituto Wellcome Sanger en Gran Bretaña.

Incluso en las últimas semanas, los sistemas de vigilancia de Gran Bretaña le dieron al mundo información crucial sobre la subvariante BA.2 de Omicron. Investigadores británicos establecieron que la variante no presenta un mayor riesgo de hospitalización que otras formas de Omicron, pero es más transmisible.

El viernes, se cerraron dos de las encuestas de virus de rutina del país y se redujo una tercera, lo que desconcertó al Dr. Fraser y a muchos otros investigadores, particularmente cuando esas encuestas ahora muestran que se estima que las tasas de infección de covid en Gran Bretaña alcanzaron un récord: uno en 13 personas. El gobierno también dejó de pagar las pruebas gratuitas y canceló o detuvo las aplicaciones de rastreo de contactos y los programas de muestreo de aguas residuales.

 

“No entiendo cuál es la estrategia, ensamblar estos instrumentos muy grandes y luego desmantelarlos”, dijo el Dr. Fraser.

Los recortes se produjeron cuando el primer ministro Boris Johnson pidió a Gran Bretaña que “ aprenda a vivir con este virus ”. Cuando el gobierno dio a conocer sus planes en febrero, señaló el éxito del programa de vacunación del país y los altos costos de varios programas de virus. Aunque reduciría la vigilancia, dijo, “el gobierno continuará monitoreando los casos, en particular en los hospitales, incluido el uso de la secuenciación genómica, lo que permitirá comprender mejor la evolución del virus”.

Es cierto que la vida con Covid es diferente ahora que en la primavera de 2020. Las vacunas reducen drásticamente el riesgo de hospitalización y muerte, al menos en países que han vacunado a suficientes personas. Las píldoras antivirales y otros tratamientos pueden mitigar aún más la devastación de Covid, aunque todavía escasean en gran parte del mundo.

Brindar pruebas gratuitas y realizar encuestas a gran escala es costoso, reconoció el Dr. Barrett, y después de dos años, tenía sentido que los países buscaran formas de reducir el gasto. “Entiendo que es una posición delicada para los gobiernos”, dijo.

Pero expresó su preocupación de que reducir demasiado la vigilancia genómica dejaría a Gran Bretaña sin preparación para una nueva variante. «No quieres estar ciego en eso», dijo.

Con una reducción en las pruebas, Steven Paterson, genetista de la Universidad de Liverpool, señaló que Gran Bretaña tendrá menos virus para secuenciar. Estimó que la producción de secuenciación podría caer en un 80 por ciento.

“Se mire como se mire, conducirá en gran medida a una degradación de la información que podemos tener, ya sea sobre la cantidad de infecciones o nuestra capacidad para detectar nuevas variantes a medida que aparecen”, dijo el Dr. Paterson.

Los expertos advirtieron que será difícil reiniciar los programas de vigilancia del coronavirus, conocido formalmente como SARS-CoV-2, cuando surja una nueva variante.

“Si hay algo que sabemos sobre el SARS-CoV-2, es que siempre nos sorprende”, dijo Paul Elliott, epidemiólogo del Imperial College London e investigador principal de una de las encuestas comunitarias que se están recortando. “Las cosas pueden cambiar muy, muy rápido”.

Otros países también están aplicando una filosofía de vivir con Covid a su vigilancia. La tasa de pruebas de Dinamarca ha caído casi un 90 por ciento desde su pico de enero. El gobierno danés anunció el 10 de marzo que se requerirían pruebas solo por ciertas razones médicas, como el embarazo.

Astrid Iversen, una viróloga de Oxford que ha sido consultora del gobierno danés, expresó su preocupación de que el país estaba tratando de convencerse a sí mismo de que la pandemia había terminado. “El virus no ha recibido el correo electrónico”, dijo.

Con la caída de las pruebas, dijo, el recuento diario de casos en Dinamarca no refleja el verdadero estado de la pandemia tan bien como antes. Pero el país está intensificando las pruebas generalizadas de aguas residuales, que podrían funcionar lo suficientemente bien como para monitorear nuevas variantes. Si las aguas residuales revelaran un aumento alarmante, el país podría comenzar nuevamente con las pruebas.

“Confío en que Dinamarca podrá escalar”, dijo.

Israel también ha visto una caída drástica en las pruebas, pero Ran Balicer, director del Instituto de Investigación Clalit, dijo que los sistemas de atención médica del país continuarán rastreando variantes y monitoreando la efectividad de las vacunas. “Para nosotros, vivir con Covid no significa ignorar a Covid”, dijo.

Si bien Gran Bretaña y Dinamarca han estado recortando la vigilancia, un país ofrece un modelo de monitoreo de virus sólido pero asequible: Sudáfrica.

Sudáfrica saltó a la fama en noviembre, cuando los investigadores descubrieron por primera vez Omicron. La hazaña fue aún más impresionante dado que el país secuencia solo unos pocos cientos de genomas de virus por semana.

Tulio de Oliveira, director del Centro de Respuesta e Innovación ante Epidemias de Sudáfrica, atribuyó el éxito del diseño de la encuesta. Él y sus colegas seleccionan aleatoriamente los resultados de las pruebas de todas las provincias del país para secuenciarlos. Ese método asegura que un sesgo en su encuesta no los lleve a perder algo importante.

También significa que ejecutan operaciones mucho más eficientes que las de los países más ricos. Desde su inicio a principios de 2020, la encuesta ha costado solo 2,1 millones de dólares. “Es mucho más sostenible”, dijo el Dr. de Oliveira.

Por el contrario, muchos países de África y Asia aún no han iniciado ninguna secuenciación sustancial. “Estamos ciegos a muchas partes del mundo”, dijo Elodie Ghedin, experta en genómica viral del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas de EE. UU.

Estados Unidos ha recorrido un curso propio. A principios de 2021, cuando la variante Alpha se extendió por todo el país, los investigadores estadounidenses estaban secuenciando solo una pequeña fracción de las pruebas positivas de covid. “Estábamos muy por detrás de Gran Bretaña”, dijo el Dr. Ghedin.

Desde entonces, los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades han ayudado a los departamentos de salud pública estatales y locales a comenzar a realizar su propia secuenciación de genomas de virus. Mientras que países como Gran Bretaña y Dinamarca retiran la vigilancia, Estados Unidos sigue intensificando sus esfuerzos. El mes pasado, los CDC anunciaron una iniciativa de $185 millones para apoyar los centros de secuenciación en las universidades.

Aún así, las luchas presupuestarias en Washington están trayendo incertidumbre a la vigilancia a largo plazo del país. Y Estados Unidos enfrenta obstáculos que otros países ricos no enfrentan.

Sin un sistema nacional de salud, el país no puede vincular cada muestra de virus con los registros médicos de una persona. Y Estados Unidos no ha establecido una encuesta nacional actualizada regularmente del tipo que ha servido tan bien al Reino Unido y Sudáfrica.

“A todos los científicos les encantaría tener algo así”, dijo el Dr. Ghedin. “Pero tenemos que trabajar con los límites de nuestro sistema”.